1962, le monde est partagé entre deux grands pays, l’URSS et les USA. Le gouvernement américain vient de découvrir, caché sur l’île de Cuba, des missiles pointés en direction de son territoire. Les États-Unis voyant alors cela comme une menace, une guerre nucléaire se prépare, une guerre qui pourrait avoir un impact des plus catastrophiques si jamais elle aurait lieu.

Pendant ce temps, dans le Nevada à Las Vegas. Une jeune agent de la CIA nommée Moïra McTarget et la recherche du Hellfire Club. Un groupe de personnes dirigé par un certain Sebatien Shaw qu’elle recherche à cause des plans qu’il prépare. Alors qu’elle espionne une de leurs réunions secrètes dans un casino, Moïra aperçoit la chose la plus hallucinante qu’elle n'est jamais vue de sa vie. Elle vient de voir sous ses yeux, environ trois spécimens dotés de pouvoirs extraordinaires, elle n’en croit pas ses yeux. Lorsqu’elle entend un d’entre eux parlés de Mutations génétiques, elle décide d’aller voir un expert.

Charles Xavier, un jeune homme issu d’une famille très riche, vient tout juste de recevoir son diplôme de professeur en mutation génétique à l’université d’Oxford. Alors qu’il fête ça dans un bar avec sa sœur adoptive Raven, Moïra arrive et se met alors à lui parler. Voyez-vous, le truc c’est que Charles et Raven ne sont pas non plus de simple humain ordinaire. Eux aussi possèdent des dons hallucinants, Charles est un télépathe extrêmement puissant et lorsqu’il se mit à sonder l’esprit de l’agent et à voir ce qu'elle a vu, il décide alors de rentrer directement aux États-Unis.

Moïra de retour avec Charles et Raven décide de prouver aux autres agents l’existence des mutants, mais il aura fallu que Raven intervienne montrant alors sa capacité à prendre l’apparence des autres. Un agent de la CIA décide de les prendre sous son aile, Moïra, Charles et Raven partent alors à la recherche du bateau du Hellfire Club. Mais en le trouvant, ils rencontrent une autre personne qui semble n’appartenir ni à la CIA ni au Hellfire Club. Cette personne se révèle avoir des capacités de mutants très puissantes et prend d‘assaut le navire ennemi en l'attaquant avec des chaines en acier immenses pesant plusieurs tonnes de kilo. Le Hellfire se sauve mais Charles réussit à sauver l’homme qui a attaqué le navire de ses ennemis. Il s’appelle Erik Lensher et a un passé sombre avec Sebastien Shaw, il se révèle rempli de haine et veut venger sa mère en tuant le chef des Hellfire. Charles le prend alors sous son aile et ils deviennent très vite amis.

A la base de recherche de la CIA, Charles et Erik recrutent une armée de mutant pour faire face à Shaw, grâce aux « Cerebro », une machine visant à améliorer les capacités télépathiques de Charles et crée par un jeune chercheur du nom de Hank. Alors que Moïra, Erik et Charles se rendent en URSS pour trouver Shaw, celui-ci leur a fait « faux bond » et se rend à la base ou se trouve la toute jeune armée de mutant. Tuant tous les agents aux alentours, il réussit à en recruter une et en tue un autre. Charles et Erik, de leur côté parviennent quand même à capturer Emma Frost, le bras droit de Shaw et une autre télépathe très puissante. De retour à la base, ils emmènent les jeunes mutants restants à New York dans le comté de Westchester, là où se trouve la maison à l’allure de château de Charles. Une fois là-bas, ils sont alors entraînés à maîtriser mieux leur capacité afin de pouvoir faire face à Shaw. Charles essaye d’aider Erik à trouver la paix tandis que ce dernier aide Raven à s’assumer telle qu’elle est. Hank subit une transformation suite à un sérum ayant mal fonctionné et devient alors « le fauve ».

Une fois prêt à se battre, les mutants partent à bord d’un avion, volait sur l’Océan Atlantique, là où se prépare une guerre atomique entre les USA et l’URSS. Là où se trouve Shaw également. Prêt à faire éclater lui-même la destruction du monde. L’armée de Charles déjouent alors les plans de Shaw, faisant exploser le navire contrôlé par Azazel un membre des Hellfire et Erik réussit à faire voler dans les airs, le sous-marin où se trouvent Shaw et à le ramener sur une plage. Pendant ce temps, les bateaux où se trouvent les deux armées, observent la scène d’un air ébahi. Shaw prend donc l’initiative de se transformer lui-même en bombe atomique grâce à sa capacité d’absorber l’énergie. Désormais, les mutants du Hellfire et ceux de Charles s’affrontent. Erik entre alors dans le sous-marin de Shaw afin de lui faire enfin face, il veut le tuer, c’est le moment qu’il a attendu toute sa vie. Lorsqu’il réussit à enlever le casque du chef des Hellfire qui empêchait Charles de lire dans ses pensées, il le met alors sur sa propre tête tandis que son ami lui cri de ne pas le faire. Erik tue Shaw.

Une fois sorti du sous-marin, Erik essaye de convaincre les mutants d’attaquer les humains mais ceux-ci lancent alors leurs missiles sur l’île. Erik les stoppe grâce à son pouvoir et les renvoie d’où ils viennent. Charles le supplie d’arrêter mais aveuglé par sa haine, il ne l’écoute pas. Moïra se met alors à tirer sur Erik mais par accident, ce dernier dévie une balle sur son ami qui tombe à terre. Erik lâche alors les missiles qui n’atteignent pas les navires des humains. Il se jette sur son ami et tente de tuer Moïra également mais Charles l’en dissuade. Erik lui propose alors de se joindre à lui afin de montrer aux humains leur supériorité et leurs grands pouvoirs. Charles refuse. Erik pars avec Raven, Azazel et deux autres mutants du nom d'Angel et Riptide, ensemble ils vont libérer Emma Frost pour qu’elle se joigne à eux. Charles rentre alors chez lui, désormais paralysé des deux jambes, il est obligé de se déplacer en fauteuil roulant, il décide de transformer sa maison en un institut pour aider des jeunes mutants, il efface alors des brides de la mémoire à Moïra pour qu’elle ne se souvienne plus de l’emplacement de la nouvelle école. Hank construit un nouveau Cerebro dans les sous-sols de l’institut, désormais il est temps de s’occuper de ceux que l’on a reclus de la société.

1963, un an après la mort de Shaw. Les relations entre l’URSS et les USA se sont apaisées, en revanche on ne peut pas en dire autant pour celles entre Charles et Erik. Désormais, le monde est au courant de l’existence des mutants et ça ne l’enchante pas vraiment. Les mutants sont craints et détestés. Une paix n’est pas prête à être établie. De son côté, Charles désormais paralysé des deux jambes, dirige son école venant en aide à de jeunes mutants perdus et déboussolés. Aucun humain n’a idée de l’endroit ou se trouve l’école même pas Moïra dont le professeur X a effacé la plupart des souvenirs. Désormais ils se nomment les X-Men. Erik ou Magneto de son côté, a repris le Hellfire Club sous sa main. Avec la belle et dangereuse Emma Frost, ils ont créé ensemble une académie visant également à recruter de jeunes mutants comme celle des X-Men. Mais malheureusement, Charles et Erik ne partagent plus les mêmes idées, tandis qu’un essaye d’établir la paix avec les humains, l’autre fait tout le contraire. Magneto veut que les mutants soient au pouvoir et n’en a rien à faire des humains. Les deux clans s’affrontent malgré le fait que l’amitié entre le Charles et Erik n’est pas totalement disparu mais il ne peut en être autrement.